注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

wangyufeng的博客

祝愿BB 健康开心快乐每一天

 
 
 

日志

 
 

PacBio数据分析工具包SMRT Analysis安装  

2016-03-15 17:29:26|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |

    PacBio的三代测序技术,其核心的竞争力就是:更高(通量)、更长(读长)、更快(分析)。PacBio每个SMRT cell一次运行可输出超过4GB数据,平均读取长度增加到15-20KB。这在一定程度上解决了基因组组装中遇到的的高杂合、高重复、GC异常等问题。

Download SMRT Analysis

Download SMRT Analysis from PacBio DevNet (http://www.pacbiodevnet.com):

wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.2.0/smrtanalysis-2.2.0.133377.run
wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.2.0/smrtanalysis-2.2.0.133377-patch-3.run

Installation Summary

  SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis
  sudo mkdir $SMRT_ROOT
  sudo chown smrtanalysis:smrtanalysis $SMRT_ROOT

  su -l smrtanalysis
  smrtanalysis-2.2.0.133377.run -p smrtanalysis-2.2.0.133377-patch-3.run --rootdir $SMRT_ROOT

  $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start
  $SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start

Upgrade Summary

 su -l smrtanalysis
 SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis
 $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd stop 
 $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtupdater -- -p smrtanalysis-2.2.0.133377-patch-3.run smrtanalysis-2.2.0.133377.run
 $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start

Once SMRT Portal is installed, proceed to the following sections to complete setup:

  1. Set up SMRT Portal (for new installations only)
  2. Verify the Installation (for new installations and upgrades)

Patch Summary

These two commands must be run as smrtanalysis user.

  SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis
  $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd stop

These two commands must be run as root (e.x. using sudo). Skip these commands if the files do not exist.

  sudo rm /tmp/mysql_XXXXX.sock 
  sudo rm $SMRT_ROOT/userdata/database/../../error.log 

These two commands must be run as smrtanalysis user.

  $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtupdater smrtanalysis-2.2.0.133377-patch-3.run
  $SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start

  评论这张
 
阅读(755)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2017