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【转载】CANOCO4.5做CCA分析  

2015-07-18 16:55:52|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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本文转载自阿飞与安达《CANOCO4.5做CCA分析》
1、CANOCO4.5包含以下几个模块,我们主要使用的是WCanoImp,Canoco for Windows 4.5,CanoDraw for Windows。
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
2、用WcanoImp将环境因子数据和OTU数据(或者物种信息)数据保存为Canoco需要的格式,具体如下。
环境因子信息如下,用excel打开:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 

OTU数据信息如下,同样用excel打开:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
分别复制OTU和环境因子的数据,然后打开WcanoImp,如下图,如果我们的数据每一列是一个样品,则必须勾选OPTIONS中的Each column is a Sample,然后点击Save,需要自己填写个名字,我们可以把OTU数据保存为OTU.dta,环境因子数据保存为Env.dta,注意OTU的个数不能太多,否则后续的分析无法进行
 CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
3、以管理员身份运行Canoco for Windows 4.5,注意:一定要以管理员身份运行哦!
打开如下窗口,并点击新建一个项目,之后按照如下图示进行操作:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
点击下一步,添加如下两个文件,注意由于Canoco4.5在Win7上兼容性不是特别好,所以该步中Canoco solution file name部分显示不完整,但还是需要填写一个名字的,这是一个中间结果的名字,一般会以sol结尾,然后一路“下一步”即可。
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
一路“下一步”后,到该界面,点击 Analyse即可,如果不提示错误,说明成功了。
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
 
4、用CanoDraw for Windows画图
上一步分析完成之后,CanoDraw变为可以点击了,我们点击它,开始作图。点击之后会弹出CanoDraw模块,还是首先需要给个名字,用于保存中间结果。
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
之后操作如下:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达

做出的图如下:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
 我们可以把样品的编号和样品的分组信息按照如下方法添加上:
添加样品标号,点击Project ->Settings ->Appearance,把Sample labels修改为Names:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
 
添加分组信息,如下图进行:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 添加好三个分组后,如下图:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
点击OK后,返回的窗口中就出现了一个New classification,还要把下边的选项勾选上,否则该分类时不会生效的。
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
然后再重新作图,得到比较理想的CCA分析图,如下:
CANOCO4.5做CCA分析 - 阿飞与安达 - 阿飞与安达
 
 
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