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RNA-Seq数据分析新工具:HISAT、StringTie和Ballgown下载地址  

2015-04-29 22:24:01|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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RNA-Seq数据分析新工具:HISAT、StringTie和Ballgown下载地址 - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
 
在最近,三篇介绍RNA-Seq数据分析新方法的文章发表在Nature集团旗下的刊物上。这三篇文章都有一位共同的作者:约翰霍普金斯大学计算生物学中心的Steven Salzberg(Bowtie和TopHat程序的开发者)。HISAT、StringTie和Ballgown分别取代了Salzberg早期开发的工具,为RNA-Seq从原始读取到基因表达差异表达分析提供了一种全新的方式。
HISAT (http://ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对。
StringTie  (http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/) 能够应用网络流算法和可选的de novo组装进行转录本组装并预计表达水平。与Cufflinks等程序相比,在分析模拟和真实的数据集时,StringTie实现了更完整、更准确的基因重建,并更好地预测了表达水平。
Ballgown (https://github.com/alyssafrazee/ballgown)是开展基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据,预测基因、转录本或外显子的差异表达
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