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利用R画人类染色体分布图(转)  

2013-07-22 23:17:31|  分类: R、SVG&GNUPlot画 |  标签: |举报 |字号 订阅

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#hypoloc[hyperloc[,1]==11];
#hyperloc[which(hyperloc[,1]=="11"),]   # prepareGenomePlot example  # construct genomic positions  # Chrompos  returns a matrix with the positions of the elements on the plot
# You can use all kinds of base graphics functions to annotate the chromosomes
#png("chroidem.png")

setwd("/home/gsc/houston/upload/rheumatology/scleroderma/chromplot/chromeplot")
data<-read.table("chrome",head=T,sep="\t",as.is=F)
hyperloc=data[which(data$Gain.Loss=="Gain"),]
hypoloc=data[which(data$Gain.Loss=="Loss"),]

postscript("chrosomeplot.eps")
par(mar=c(0.1,1,1,1))

library(quantsmooth)
CHR<-hyperloc[,1]  # Chromosomes
MapInfo<-hyperloc[,2]# position on chromosome
CHR<-hypoloc[,1]  # Chromosomes
MapInfo<-hypoloc[,2]# position on chromosome
chrompos2<-prepareGenomePlot(data.frame(CHR,MapInfo),paintCytobands  = TRUE, organism="hsa",sexChromosomes =  TRUE,units="bases",cols="green")
legend("topright",legend=c("CNV Gain","CNV Loss"), col=c("red","green"),bty="n",pch="|")
points(chrompos1[,2],chrompos1[,1]+0.2,pch="|",col="red")
points(chrompos2[,2],chrompos2[,1]+0.2,pch="|",col="green")
title(main="Figure 1 Distribution of the CNV in human systemic scelerosis",line=0.5)
dev.off()
利用R画人类染色体分布图(转) - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
以上内容转自:http://hi.baidu.com/guoshicheng_fd/item/0e59c2df3edda1be33db90fe
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