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wangyufeng的博客

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Perl 读写tar.gz .gz .tgz 等压缩文件的方法(转)  

2013-07-22 23:11:03|  分类: Perl & bioperl |  标签: |举报 |字号 订阅

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再处理全基因组Functional Data的时候,数据量会呈指数增长, 200T的硬盘都不够用了,没办法,只能都压缩成tar.gz然后再读取了, 推荐两种方法

1. 使用PERL直接读取压缩文件 use pipe

.gz格式文件

open(FIN,"gzip -dc $infilename |") or die("can not open $infilename\n");


.tgz(.tar.gz)格式文件

open(FIN,"tar -xf $infilename -o |") or die("can not open $infilename\n");


7zip格式文件

open(FIN,"7za e -so $infilename |") or die("can not open $infilename\n");


2. 用Perl IO包

uselib "/libPath";

usePerlIO::gzip;

open FI,"<:gzip","$fi";

open FO,">:gzip","$fo";

以上内容转自:http://hi.baidu.com/guoshicheng_fd/item/89253a9266b672cfb625312e


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