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DnaSP:计算核苷酸(SNP)多样性和单倍型(haplotype)多样性  

2013-06-01 10:42:07|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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在进行种群遗传学研究时,都会用到核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)。

下面简单介绍怎样用软件 DnaSP v5(Librado et al.,2009)得到相关的信息 首先我们需要一个比对好的 fasta 文件,例如 taiwan30aln.fas

打开 DnaSP v5

打开文件“taiwan30aln.fas”出现一个数据信息框,或者说软件赋予你的数据的一些默认信息

比如它会默认你的数据是来自常染色体的核基因、是二倍体型,因此我们常常需要对之进行 修改以符合我们数据的实际情况,关掉这个信息框之后使用“data”-> “format”选项卡进行修改。

修改好之后,进行 DNA 多态性分析“Analysis”->  “DNA Polymorphism”

结果中包含了我们需要的核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd),当然了还有很多其他相关的信息。

  如果您还有其他问题,请到生物信息问答社区www.BioAsk.net来问问吧,这里有来自中科院、国内外高校、公司的生物科研人员以及技术人员,大家一起在线交流。
以上内容转自:http://www.plob.org/2012/09/26/3682.html
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