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wangyufeng的博客

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Perl提取Indel脚本  

2013-05-22 16:21:19|  分类: Perl & bioperl |  标签: |举报 |字号 订阅

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 ## script  callIndel.pl
##   license GPL
##   author  shangao
##   version 0.1
##   date    2011.3.11
##
use strict;
use warnings;

if(@ARGV <1 ){
    print"usage : <*.variant>\n";
    exit;
}

 my $file = shift;
 my (@a, $s);
 open( IN, $file ) || die "can't open the file <$file> !\n";
 while( <IN> )
 {
     chomp;
     my $s = $_;
     my @a=split(/\t/, $_);
     if($a[2] eq '*' || $a[3] eq '*' ){
       print $s."\n" ;
     }
 }
 close IN;

转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020100p2tj.html 特此收藏感谢,需要的同学拿去!
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