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系统发育分析工具:SeaView - tool for phylogenetics  

2012-10-12 09:12:37|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html

SeaView is a multiplatform, graphical user interface for multiple sequence alignment and molecular phylogeny.
  • SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees.
  • SeaView drives programs muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files.
  • Seaview drives the Gblocks program to select blocks of evolutionarily conserved sites.
  • SeaView computes phylogenetic trees by
    • parsimony, using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm,
    • distance, with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances,
    • maximum likelihood, driving program PhyML 3.0.
  • SeaView prints and draws phylogenetic trees on screen, SVG, PDF or PostScript files.
  • SeaView allows to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.
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