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Pfam数据库搜索  

2012-05-30 11:43:02|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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Pfam数据库搜索 - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
 pfam网址

Pfam数据库基于隐马尔可夫模型,我们可以输入URL地址:http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/来访问该数据库,在该网页中可以选择蛋白质(PROTEIN SEARCH)及DNA(DNA SEARCH)序列搜索,关键词搜索(KEYWORD SEARCH),也可以选择查看Pfam数据库的多序列比对信息(BROWSE PFAM),以及分类搜索(TAXONOMY SEARCH),还可以看到关于Pfam的帮助信息(More information and help on Pfam)。

Pfam有两个组成部分:Pfam - A和Pfam - B。 Pfam -A的质量比较高,是人工筛选的。虽然这些Pfam -A的数据涵盖了在许多基础序列数据库中很大的比例,为了让更多的全面了解已知蛋白质,我们也支持使用ADDA数据库。另外一些些自动生成的被称为 Pfam - B。虽然质量较低,Pfam - B可以被用来鉴别功能保守区域,尤其是没有Pfam -A的时。
Pfam也产生了相关的家族称为家庭,更高层次的分组。

点击PROTEIN SEARCH链接进入蛋白质搜索页面,然后在提交框中填入要搜索的目标序列,例如在最上面的提交框中填入SWISS-PROT ID :TRFE_XENLA 其它按默认不变,然后按提交按钮,搜索的结果按图形方式给出[链接1.4.2.3.5]。

我们可以看到TRFE_XENLA是一种serotransferrin precursor(转铁蛋白前体),Pfam数据库给出了一个图形来显示TRFE_XENLA的结构域,黄色带黑圈的块表示是信号肽,大的单色的块表示Pfam搜索得到的具有统计学显著意义的结构域(PfamAQ区),low complexity区(富含AT和GC区)使用青色带黑圈的块表示。因为出现了预测重叠Overlap,可以在Domain Order一栏改变预测结构的前后顺序,从而改变图形的位置。

搜索结果最后还给出了文字的结果,例如Pfam Domains的预测为含两个转铁蛋白家族的结构域(分别从26-341,354-686),以及可能的其它区域(Other Regions)包括前端可能为信号肽,也可能含有low complexity区。点击链接可以进入进一步的详细信息,例如蛋白质家族多序列比对的原始信息相关文献等等。

 

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