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生物信息分析常用软件安装列表  

2012-12-01 20:27:31|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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软件名

描述 手册 更新时间 大小 安装
bioconductor-webServer bioconductor自动安装软件包 URL July 14 15:50 297K 安装
bioinfoserv-act ACT是Artemis Comparison Tool的缩写,这是一个DNA序列比对结果浏览工具。 PDF June 08 09:58 9.2M 安装
bioinfoserv-antheprot 蛋白质序列分析工具(Window版本,采用wine技术虚拟运行) PDF
July 29 12:49 18M 安装
bioinfoserv-ape 系统生物学和进化分析工具。 URL June 08 09:58 484K 安装
bioinfoserv-apollo-1.8 一个开放的基因组注释及浏览工具,来自果蝇基因组计划的实施。 URL June 08 09:58 44M 安装
bioinfoserv-arb 用于处理序列数据和数据分析的图形软件包。运行该工具包,建议1G内存、磁盘空间自由空间1G,CPU运行速度2GHz. URL June 08 09:58 97M 安装
bioinfoserv-argo 基因组可视化和手动注释编辑工具。 URL June 08 09:58 21M 安装
bioinfoserv-artemis Artemis是一个自由的基因组浏览器和注释工具。它具有序列特征和分析结果可视化的特性。 PDF June 08 09:58 9.2M 安装
bioinfoserv-autodock 分子图形化和结构分析、对接软件。 URL June 08 09:58 41M 安装
bioinfoserv-base-directories BioInfoServ生物信息软件包基本目录、配置文件预置。 - June 08 09:58 3.2M 安装
bioinfoserv-biococoa.app 序列文件转换工具。同时,它还提供了快速编写三行脚本以读取BEAST、Clustal、EMBL、Fasta、GCG-MSF、GDE、Hennig86、NCBI、NEXUS、NONA、PDB、Phylip、PIR、Plain/Raw、Swiss-Prot 和TNT等文件格式。 URL June 08 09:58 37K 安装
bioinfoserv-bioedit 生物序列比对结果编辑器(Window版本,采用wine技术虚拟运行) PDF July 29 23:05 15M 安装
bioinfoserv-biojava 生物信息java脚本和模组支持 URL June 08 09:58 2.7M 安装
bioinfoserv-biokaptain emboss的genome和KDE环境程序菜单,在Xfce桌面中也可以使用。 - June 08 09:58 119K 安装
bioinfoserv-bioscripts-collections 生物(信息)软件脚本收集包。 - June 08 09:58 6.9K 安装
bioinfoserv-blast2go 序列功能注释和注释数据分析工具。该工具主要为实验学家所设计(为全世界几百个实验室所广泛使用),具有高通量和互动特性,可以完成数据挖掘、功能注释等工作。 URL June 08 09:58 3.0M 安装
bioinfoserv-blixem X-windows环境中的多重序列比对浏览工具。 URL June 08 09:58 1.4M 安装
bioinfoserv-boinc-client 分布式计算客户端工具boinc。利用它,用户可以方便地将分布在世界各地的闲置计算机利用起来,进行生物信息学计算。 URL June 08 09:58 355K 安装
bioinfoserv-boinc-manager boinc管理工具。 URL June 08 09:58 1.7M 安装
bioinfoserv-cap3 DNA序列拼装工具。 URL June 08 09:58 54K 安装
bioinfoserv-chinook 基于p2p平台的生物信息计算工具。通过它,可以将互联网中的其他电脑聚合起来进行生物信息计算。 URL June 08 09:58 13M 安装
bioinfoserv-clcseqview4 具有优秀图形界面的序列浏览工具,可帮助用户完成大数据分析、数据组装等工作。 PDF June 08 09:58 55M 安装
bioinfoserv-clcworkbench 一个能完成众多生物信息工作的图形界面工具。 PDF June 08 09:57 56M 安装
bioinfoserv-clustal 多重序列比对工具,包含了Clustalx和ClustalW。 - June 08 09:57 1.0M 安装
bioinfoserv-coalesce 用于有效群体和位点中性突变率计算。 URL June 08 09:57 90K 安装
bioinfoserv-cpgIE 用于统计CpG岛的工具。 June 08 09:57 38K 安装
bioinfoserv-cytoscape 基因表达复杂网络可视化工具。 PDF June 08 09:57 35M 安装
bioinfoserv-dotter 双序列比对点阵图工具。 URL June 08 09:57 1.6M 安装
bioinfoserv-dust 用于blast比对中,Dust过滤项效果的命令行工具。 - June 08 09:57 13K 安装
bioinfoserv-dx IBM可视化数据浏览工具OpenDX URL June 08 09:57 3.9M 安装
bioinfoserv-dxsamples OpenDX示例数据。 URL June 08 09:57 7.1M 安装
bioinfoserv-elecGel 凝胶电泳图像处理工具(Window版本,采用wine技术虚拟运行) - July 29 12:49 227K 安装
bioinfoserv-envbase-for-pedro 为数据库EnvBase编辑工具pedro,添加必要的模板和设置项。 URL June 08 09:58 27K 安装
bioinfoserv-estferret ESTFerret处理、聚类及EST数据注释工具。 URL June 08 09:57 7.1M 安装
bioinfoserv-estscan DNA序列编码区扫描工具。亦可进行测序错误扫描及纠正。 URL June 08 09:57 417K 安装
bioinfoserv-fasta 用于随机排序序列比对的统计显著性统计。 - June 08 09:57 8.9M 安装
bioinfoserv-fastdnaml DNA序列进化树构建工具。 URL June 08 09:57 60K 安装
bioinfoserv-fluctuate 用于搜寻单一群体符合指数生长的模型。 URL June 08 09:57 187K 安装
bioinfoserv-forester 注释性进化树的可视化JAVA工具 URL June 08 09:57 1.2M 安装
bioinfoserv-gedas 基因表达数据分析工具。 URL June 08 09:57 3.7M 安装
bioinfoserv-GeneDesigner 基因序列设计软件。 PDF Aug 01 00:14 6.0M 安装
bioinfoserv-GenePalette 基因组序列可视化及浏览工具。 URL July 30 22:53 21M 安装
bioinfoserv-genomecomp 基于全基因组范围内的序列比对结果统计、分析和结果的可视化工具,以便找到片段重组、插入及删除等现象。 URL June 08 09:57 1.4M 安装
bioinfoserv-genquery 用于SQL查询模块的perl代码库以及执行web查询。 PDF June 08 09:57 137K 安装
bioinfoserv-GENtle 这是一个功能较为丰富的生物软件,可以完成DNA、氨基酸序列编辑、数据库管理、质粒图谱绘制、限制性酶切分析、序列比对、统计和凝胶图像显示、PCR分析等((Windows版本,采用wine技术运行) URL July 29 12:49 3.5M 安装
bioinfoserv-GENtle-linux 同上,Linux版本 URL June 08 09:57 1.7M 安装
bioinfoserv-glimmer 尤其适合于细菌、古菌和病毒的基因寻找的工具。 URL June 08 09:57 1.9M 安装
bioinfoserv-gsrint 用于GeneSpring的R脚本和整合包。 - June 08 09:57 1.1M 安装
bioinfoserv-handlebar 一个用于生物样品条形码数据存储数据库。 URL June 08 09:57 414K 安装
bioinfoserv-happy 采用多重序列比对搜索敏感数据库HMM轮廓的工具。 URL June 08 09:56 428K 安装
bioinfoserv-hmmer 用于特定生物DNA重组,其特定氨基酸序列所对应的核酸序列设计工具。 URL June 08 09:56 14M 安装
bioinfoserv-IBGProteinDesktop 这是一个高表达重组核酸序列设计(或者基因设计)软件。尽管还在不断地开发,但目前,已经能进行特定程度的氨基酸序列设计了 - June 08 09:56 2.2M 安装
bioinfoserv-insightII2005-patch InsightII2005的补丁程序。 - June 08 09:56 2.0K 安装
bioinfoserv-interproscan InetProscan程序的java图形界面和命令行程序。 URL June 08 09:57 37M 安装
bioinfoserv-JabRef 基于java运行的生物文献检索、管理工具。 PDF June 08 09:56 6.4M 安装
bioinfoserv-jambw 可以进行序列转换、数据操作、数据分析、遗传与功能位点作图等功能的JAVA平台。 URL June 08 09:56 1.0M 安装
bioinfoserv-jemboss EMBOSS(欧洲分子生物学软件包)的java图形界面包,功能十分庞大。 URL June 08 09:58 56M 安装
bioinfoserv-jExpressPro 基于微阵列芯片数据分析流行趋势,采用新方法进行分析的工具。 - June 08 09:57 34M 安装
bioinfoserv-kepler 用于帮助科学家、分析员及电脑程序员创建共享模型和执行科学分析的工具包。 PDF June 08 09:57 98M 安装
bioinfoserv-lucy1.19p-3.01 原始DNA序列组装工具,具体过程包括质量评估、信度保证和载体去除等。 - June 08 09:57 1.4M 安装
bioinfoserv-MAExplorer 乳腺癌基因组公共数据浏览工具。 PDF June 08 09:57 3.2M 安装
bioinfoserv-MassSorter 蛋白质质谱实验数据管理和分析工具。 URL June 08 09:57 1.1M 安装
bioinfoserv-mbDNAAnalysis DNA序列分析工具(基于wine运行的windows系统下软件) URL July 30 23:38 3.8M 安装
bioinfoserv-med-bio 微生物相关的综合性安装包。 - June 08 09:57 12K 安装
bioinfoserv-med-common 微生物相关的综合性通用安装包。 - June 08 09:57 8.6K 安装
bioinfoserv-mega 分子进化遗传分析软件包(Window版本,采用wine技术虚拟运行) PDF July 29 12:49 12M 安装
bioinfoserv-melecularbentch 一个可视化、交互的分子教学和学习虚拟平台。 PDF June 08 09:57 4.4M 安装
bioinfoserv-molegro Molegro分子浏览工具,用于DB、Mol2、SDF分子文件格式以及Molegro分子虚拟对接结果文件查看。 PDF June 08 09:57 9.0M 安装
bioinfoserv-molphy 分子系统发育MOLPHY程序,其主要程序是ProtML,可采用最大相似法对蛋白质序列进化树进行推断。 URL June 08 09:57 245K 安装
bioinfoserv-oboedit OBO生物标准词汇(Ontology)文件格式编辑器。 URL June 08 09:57 8.2M 安装
bioinfoserv-phylip 系统发育推断软件包,其包含了35个小程序包。 URL June 08 09:57 6.9M 安装
bioinfoserv-phyml 基于最大相似性原理的系统发育推断软件。 PDF June 08 09:57 510K 安装
bioinfoserv-rasmol 用于蛋白质、核酸和小分子分子可视化的软件包,它可以显示、编辑和生成出版图片。 URL June 08 09:57 1.5M 安装
bioinfoserv-rbs-finder 核糖体结合位点搜寻器。 - June 08 09:57 12K 安装
bioinfoserv-readseq DNA和蛋白质序列格式读取和写入工具。 URL June 08 09:57 56K 安装
bioinfoserv-RNADv RNA二级结构可视化及设计工具。 PDF June 08 09:57 8.9M 安装
bioinfoserv-seaview 多重序列比对结果(包括NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE等格式)编辑器。 URL June 08 09:57 590K 安装
bioinfoserv-sequence-extractor 能进行DNA序列限制性图谱、PCR引物设计、6框翻译等功能的网页工具。 URL June 08 09:57 119K 安装
bioinfoserv-sequnceanalyisis 用于进行ORF搜寻、引物设计、酶切消化和序列操作等生物信息应用的软件包。 - June 08 09:57 2.0M 安装
bioinfoserv-sewer 一个基于HTML(网页代码)的序列分析工具。 - June 08 09:58 163K 安装
bioinfoserv-sight 基因组数据自动挖掘工具。 URL June 08 09:57 12M 安装
bioinfoserv-Simseq 序列格式转换工具。 - June 08 09:57 450K 安装
bioinfoserv-sms2 基因HTML(网页代码)的序列操作工具。 - June 08 09:57 263K 安装
bioinfoserv-staden 序列分析综合性软件包,其具有pregap4和gap4命令行程序。该软件需要phred和phrap软件的预置安装。同时,该程序还提供了emboss的程序接口,可完成的emboss所提供的功能。 URL June 08 09:57 43M 安装
bioinfoserv-stars staden程序的可选择性图形界面。 URL June 08 09:57 41K 安装
bioinfoserv-tablet 下一代测序序列组装和比对工具。 URL July 31 00:21 37M 安装
bioinfoserv-TaxInspector NCBI分类数据库浏览工具。 - June 08 09:57 1.2M 安装
bioinfoserv-treeview 能够显示处理NEXUS、PHYLIP、Hennig86、Clustal等格式的系统发育分析结果文件的软件工具。 URL June 08 09:57 5.9M 安装
bioinfoserv-ugene 一个跨平台的DNA和蛋白质序列分析综合平台ugene。 PDF July 31 21:50 31M 安装
bioinfoserv-ugene-data ugene必需资源。 PDF June 08 09:57 603K 安装
bioinfoserv-wise DNA序列和蛋白质序列比较工具。 - June 08 09:57 5.6M 安装
bioinfoserv-yamap 一个能通过常规注释,并将转换注释结果至Artemis的注释转换及处理工具。 URL June 08 09:57 280K 安装
gbench-linux NCBI开发的序列浏览及分析综合性平台。 URL June 08 09:57 36M 安装
gbrowse2-installer-zh-cn 通用基因组浏览器Gbrowser本地化简体语言深入翻译安装包。 URL July 14 16:48 15M 安装
gbrowse2-installer-zh-tw 通用基因组浏览器Gbrowser本地化繁体中文(由上面的简体语言深入翻译结果转换)安装包。 URL July 14 16:48 15M 安装
myrast 下一代基因组注释工具系统RAST。 URL July 30 21:25 2.7M 安装
myrast-runtime 下一代基因组注释工具系统RAST的运行环境。 URL July 30 21:21 24M 安装
ugene 跨平台的DNA和蛋白质序列分析综合平台ugene(基于wine运行的windows版本) PDF July 31 21:51 12M 安装
ugene-data 跨平台的DNA和蛋白质序列分析综合平台ugene必需数据(基于wine运行的windows版本) PDF July 31 17:45 2.4M 安装

作者简介: Liu Mingwei
Liumwei (Mingwei Liu):2006年毕业于四川农业大学,生物化学与分子生物学专业博士。原博士期间主要从事基水稻因组学及其生物信息学研究。 现供职于重庆医科大学医学检验系,是BioInfoServOS计划的发起者和执行者。

将以上的BioInfoServ生物软件仓库代码行加入到系统中(如何添加,见这个指南):
deb http://deb.bioinfoserv.org/BioInfoSer ... ion4.0-YuleSmart/bioinfo/ /
添加后保存,并在终端中输入"sudo apt-get update",或者打开新立得高级软件包管理器进行刷新。然后搜索相关地软件包,即可进行安装了。

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