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染色质免疫沉淀-测序:ChIP-Seq  

2011-09-16 21:06:25|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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概述
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

 

技术路线
1.实验流程(Solexa)

染色质免疫沉淀-测序:ChIP-Seq - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
实验流程示意图

 

染色质免疫沉淀-测序:ChIP-Seq - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客

生物信息分析流程示意图

 

研究内容
1.测序
对客户提供的ChIP样品(如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的)进行定量检测,检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇(Cluster generation)扩增、高通量测序。
2.基本数据分析
数据产出统计:对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量。
3. 高级数据分析
标准高级数据分析内容包括:
(1)ChIP-Seq序列与参考序列比对;
(2)Peak calling:统计样品Peak信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);
(3)统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;
(4)给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释;
(5)在多个样品间,对与Peak关联基因做差异分析。

 

技术特点

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应用领域
由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果,为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源,研究者可以在以下几方面展开研究:
(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;
(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;
(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
(4)CTCF转录因子研究。

 案例分析

染色质免疫沉淀-测序案例研究

via:http://www.ebioservice.com/show_product.asp?id=431

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