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wangyufeng的博客

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如何安装RepeatMasker  

2011-09-01 16:54:31|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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首先声明:以下内容转载自http://azaleasays.com/2011/08/04/install-repeatmasker/,如有疑问请自行解决,呵呵!

实在需要先吐槽一句,经过漫长的4年的尝试,我终于装上 RepeatMasker 了。之前要么是需要注册,要么是安装不了依赖的其他程序。最近因为需要 Repeat marked Arabidopsis thaliana TAIR9 genome,但是 RepeatMasker网页版不接受这么大的文件,于是只好再次尝试安装本地版本。

首先,阅读下载页面的 Prerequisites:

1. Unix system with perl 5.8.0 or higher installed

基本没问题

2. Sequence Search Engine

最好装 RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ),下载解压预编译的文件们,然后复制到 /usr/local/rmblast 之类的地方。

3. TRF – Tandem Repeat Finder

下载之后直接改名为 rtf,复制到 /usr/local/bin 之类的地方,

或者创建一个名为 trf 的 link 到 /usr/local/bin 之类的地方。

然后,开始安装 RepeatMasker

1. 下载解压

2. 运行 configure 文件

perl ./configure

按照提示来。。。注意 RMBlast 的安装路径,需要是 /usr/local/rmblast/bin

3. 修改生成好的 configure 文件 RepeatMaskerConfig.pm

line 121: $DEFAULT_SEARCH_ENGINE = “ncbi”;

4. 查看 /usr/lib 目录下有没有 /usr/lib/libpcre.so.0 文件,

没有的话,创建以下 link ( ref ):

ln -s /usr/lib/libpcre.so.3 /usr/lib/libpcre.so.0
ln -s /usr/lib/libpcreposix.so.3 /usr/lib/libpcreposix.so.0

如果 没有 /usr/lib/libpcre.so.3,则创建 link

ln -s /lib/libpcre.so.3 /usr/lib/libpcre.so.3

5. Install RepeatMasker Libraries

http://www.girinst.org/server/RepBase/index.php 下载 Libraries 文件,解压后把 RepeatMaskerLib.embl 文件复制到 RepeatMasker/Libraries 目录下

6. 编辑 RepeatMasker目录下的RepeatMasker文件和ProcessRepeats文件

把第一行改成正确的 perl interpreter,比如 #!/usr/bin/perl 。唉,真是佩服死这帮人,这个都能写错?

7. 创建一个link

ln -s /usr/local/RepeatMasker/RepeatMasker /usr/local/bin/RepeatMasker

大功告成 – -

运行 RepeatMasker

可直接输入 RepeatMasker 或 RepeatMasker -h 查看帮助。


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