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利用BioPerl解析blast结果  

2011-07-08 21:20:06|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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本地blast结果有时太多,不能很明了的得出我们知道的信息,bioperl快速处理blast结果,然快速的给出你想要的参数。可以试试哦。

假如我们有个blast结果如下:

`7I6[Q4D($$1A}XMCY$ZNM4

我们用bioperl来处理这个结果

以下是代码:

----------------------------------------------------code start------------------------------------------------------------------------------

use Bio::SearchIO;
if (@ARGV != 1)
{
print "Usage: perl $0   \n";
exit;
}
my $file=$ARGV[0];
       # format can be 'fasta', 'blast', 'exonerate', ...
my $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'blast',
                                         -file   => "$file" );
while ( my $r = $searchio->next_result() ) {
        print "Query is: ", $r->query_name, " ", $r->query_description," ",
        $r->query_length," \n";
        print " Matrix was ", $r->get_parameter(’matrix’), "\n";                               
while( my $h = $r->next_hit ) {
        last if $h->significance > $cutoff;
        print "Hit is ", $h->name, "\n";
while( my $hsp = $h->next_hsp ) {
        print " HSP Len is ", $hsp->length(’total’), " ",
        " E‐value is ", $hsp->evalue,
        " Bit score ", $hsp->score, " \n",
        " Query loc: ",$hsp->query->start, " ", $hsp->query->end," ",
        " Sbject loc: ",$hsp->hit->start, " ", $hsp->hit->end,"\n";
                # process the Bio::Search::HSP::HSPI object
               }
           }
}

----------------------------------------------------code end  ------------------------------------------------------------------------------

%}Y3FOK4H96[~D`5RHZB)7L

这样是不是很简单明了,符合你的需求了呢?当然你觉得不好的话,你可以自己更改下代码,改成符合你需要的结果。

本文转自:http://www.perlbio.com/tb.php?sc=a13715&id=18

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