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Artemis的使用说明  

2011-07-11 23:39:08|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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Artemis是一個免費的DNA序列瀏覽和註解的工具,它可方便使用者觀察序列於不同開讀框的面貌和分析的結果。它是用JAVA語言寫成的,目前已有不同的版本可在UNIX、GNU/Linux、Macintosh、和Windows的作業系統下運作。Artemis可以讀取EMBL及GenBank的紀錄資料,也可讀取以Fasta格式或是任何寫成EMBL、GenBank、和GFF格式的資料。有關Artemis的英文簡介、檔案下載和使用說明可於Sanger Center取得。
下面我們以一些簡單的圖示來說明Artemis的使用:(部分圖搞取自Sanger Center的Artemis說明)
圖一、是當我們開始使用Artemis時,第一個開啟的視窗。
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圖二、我們可以在目錄清單(Menu Bar)的File的下拉式選單中,選取開啟某個已註解的檔案,或是從
EBI下載某個Genomic DNA(如Complete genome sequence、BAC、或Cosmid序列等)來瀏覽。
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圖三、在點選Open後,會出現路徑、檔案夾及檔案,來讓使用者選取及開啟欲瀏覽的序列檔案和檔案註解檔等資料。
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圖四、Option選項下則是讓使用者決定重讀選項、啟動編輯、和顯示或隱藏Log檔。其中Enable Direct Editing可以讓使用者以滑鼠變更一個列的起點和終點(若是蛋白質則為Start codon及Stop codon)。
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圖五、欲瀏覽的檔案開啟後,會出現如下圖的三個視窗,分別是[Over view]、[DNA view]、及[Feature list]。其中[Over view]和[DNA view]是一樣的,只是縮放的比例不同,但都可看到正反股DNA序列及+1、+2、+3、-1、-2、及-3等六條蛋白質開讀框,開讀框中的黑色直條則是Stop codon。[Feature list]則是紀錄註解及說明的地方,如註明是哪個基因或蛋白質。由於本圖例只是序列檔,所以沒有註解說明。
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圖六、於本圖例中,使用者又加開了一個檔案。見Menu Bar下,又多了一個黃色的檔案名。我們可以看到載[Over view]的視窗中,有許多藍色及淺綠色的方格,它們分別是可能的蛋白質及可能扮演某種角色的核酸模組序列區(如Promoter及Repeat),註解說明則見於[Feature list]的視窗。
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圖七、我們可以把額外分析所得的結果,寫成EMBL格式的檔案,再叫進Artemis中瀏覽並註解。下面三個圖為例示。
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圖八、同圖七,為EMBL格式的例示。
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圖九、同圖七,為EMBL格式的例示。
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圖十、Artemis還可提供分析繪圖的功能,如G+C%及Hydrophobicity等分析,並可隨視窗大小改變而調整繪圖。
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圖十一、Artemis現在已是Sanger Center用來分析及註解為生物基因體的主要工具,它可整合Blastn、Blastx、Glimmer、tRNAscan及其他分析程式的結果,於同一視窗或不同視窗瀏覽,並於使用者選取三個視窗中任一註解區塊或說明時,自動調整選取區的位置至視窗中央,同時Highlight(Box外有粗框□,如圖中以藍色框框為起的粉紅色區塊,其Box是已粗線標示邊框)三個視窗中的同一筆資料。
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圖十二、Artemis還允許使用者選取瀏覽中的序列,並執行如BLAST或FASTA等程式,再將結果以另外的視窗呈現。
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圖十三、Artemis允許使用者透過視窗的縮放來觀察基因於基因體中的分布。
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圖十四、Artemis也可用於真核生物基因體的註解工作。如圖,註解者可將屬於同一個基因的不同Exon以線條連接。
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圖十五、在下拉式選單[File]中,主要是讓使用者可以讀取[Entry]或[Feature]的檔案,或是儲存檔案及關閉視窗。
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圖十六、在下拉式選單[Entries]中,主要是讓使用者可以更改預設的Entry,自瀏覽器中移除Entry,或不選定任何Entries。
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圖十七、在下拉式選單[Select]中,主要是讓使用者可以選取各種Features,或是在不同的選擇中互換。
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圖十八、在下拉式選單[View]中,主要是讓使用者可以於不同的視窗中(會有新視窗跳出),觀看所選取的資料。
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圖十九、在下拉式選單[Goto]中,主要是讓使用者可以移動瀏覽序列至所欲觀看的位置。
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圖二十、在下拉式選單[Edit]中,主要是讓使用者可以編輯或剪裁序列。
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圖二十一、在下拉式選單[Creat]中,主要是讓使用者可以加入及新標定註解。
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圖二十二、在下拉式選單[Write]中,主要是讓使用者可以新建並修改序列及註解。
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圖二十三、在下拉式選單[Run]中,主要是讓使用者可以在選取序列並送出做另外的分析處理。
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圖二十四、在下拉式選單[Display]中,主要是讓使用者可以預設要顯示在瀏覽視窗中的項目。
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以上内容转自杨明大学网站:http://binfo.ym.edu.tw/core/intro/artemis.htm

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