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祝贺:BLAST2GO起死回生,并附Blast2GO本地化方法及注意事项  

2011-04-02 22:14:17|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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       记得在2年前用过blast2go,非常好用的序列注释和分析工具。可是后来重新装了几次JAVA的新版本之后电脑里的blast2go就挂了。最近重新把JAVA1.6装了回来,忍不住又想到blast2go。打开熟悉的主页上,猛击此处:
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 接着按需要选择下载:
祝贺:BLAST2GO起死回生,并附Blast2GO本地化方法及注意事项 - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
 然后就是启动…………久违的界面出现了……

祝贺:BLAST2GO起死回生,并附Blast2GO本地化方法及注意事项 - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
 

以下内容转自:http://hi.baidu.com/insidi/blog/item/bb21a489a4dd76a20e2444ee.html

1.    准备工作

?  下载Mysql数据库并安装:http://www.mysql.com/downloads/mysql/。下个Essentials版本的就可以了。然后装上。(出问题自己解决)

?  下载所需的数据文件:

http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201011-assocdb-data.gz (下载最新的)

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz

ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz

以上数据均下载最新的。

?  下载local_b2g_db_tutorial_0609.zip. blast2go的网站上下载。

2.    本地化构建

?  更改数据存放目录

如果默认安装Mysql数据库的话,是装在C盘的,但是一般C盘的空间比较小,而要导入的数据很大,所以要改变一下Mysql 的数据存储目录。

查看路径:mysql > show variables like “%dir%”; 在这个命令的结果中会看到datadir的路径,下边就是将这个路径改到别的位置。

改变路径:

停止mysql服务:net stop mysql; 更改my.ini中的datadir信息,并将原来的data目录copy到更改以后的路径中;重启服务:net start mysql.

?  创建数据库和表

local_b2g_db_tutorial_0609 中有个b2g_db.sql文件,该文件是用来构建b2g数据库和建立相应表的文件,可以直接导入到mysql 中。

原始的这个文件有几个错误,要改一下:

1)         原始第9行:GRANT * , 改为 GRANT ALL.

2)         原始第10行:添加 use b2g;

3)         原始第26行:’description’ text NOT NULL default ‘’, default ‘’去掉。

这样,这个文件就可以直接导入了。

导入:sh> mysql –uroot –p < c:/b2g_db.sql

这样在原来的mysql数据库中就多了一个b2g的数据库,同时这个库中还有三个表。自己查看一下,同时查看一下现在的数据存放目录是否改变了。

?  导入数据:

下边要导入已经下载好的4个数据文件。先都解压了,数据还是比较大的。

1)         导入go_<YYYYMM>-assocdb-data数据(压缩包1.18G,解压后7.45G)

进入mysql:

sh> mysql b2g –s –b –uroot –p

-s : silent mode: produce less out and speed up

-b : suppress the beep when errors occur

然后 mysql> source c:/go_****-assocdb-data

时间很长,等吧。

?  导入gene2accession

mysql> load data local infile “path/gene2accession” into table gene2accession;

OK, 无错误

?  导入gene_info

Mysql> load data local infile “path/geneinfo” into table gene_info;

OK,无错误

?  导入PIR file(idmapping)

这个需要通过blast2go界面进行导入。Blast2go下的Tools-> DB configuration, 改变db-host, name, password,一般变为localhost, root , ***,然后选择 tools-> import PIR mapping to a local B2G-DB,导入。

3.    总结

?  这里导入的数据仅仅解决了mapping的步骤,其他的步骤还需要通过网络,并没有本地化,mapping的速度是最慢的,本地化后会快很多。

?  检测是否构建成功:在blast2go的主界面中点击绿色的箭头,出现图形说明数据库已经建好了。

4.    可能出现的错误

?  Network Connection Problem Premature EOF.过早结束。这个错误可能是由于杀毒软件造成的,关掉杀毒软件试试。不想关的话,放宽一下杀毒软件的过滤条件试试。

?  Blast2goblast步骤需要多作几次,直到最后两次的miss blast一样为止,一般不存在blast结果的序列还是很少的。如果你没有大型的服务器,个人觉得通过NCBI blast反而比自己本地blast要快。

?  富集分析:有时不报错,但是长时间不出结果,可能是杀毒软件的问题,关掉就很快出结果了。如果P值全为1,也这么做,试试看了。

?  Could not create the java virtual machine的问题,可能是启动的blast2go需要的内存太多,设定一个小的内存使用量就可以了。

?  Blast2go 会自动覆盖重复记录。会用后边的记录覆盖前边的记录。如果前面导入的结果为20hit,后面相同记录为19hit,那么最终的结果为19hit.所以再比对nrswissprot的时候,应该分开计算结果,然后再合并。

?  Blast2go导入本地blast结果文件,受到序列条目和文件大小的限制,3000条序列一个文件是可以的(测试过),占内存很严重。文件大小在100M左右是可以的。

?  用独立的blast程序比对swissprot数据库出现问题,xml结果中hit-id不正确,导致blast2go无法识别,可能是formatdb时出现了错误,自己检查一下。

?  一般GO 分类中,biological process的节点很多,在blast2go中,这步出图的时候总是容易卡死,需要改变一下blast2go配置文件中图形节点的最大值,改大点应该可以出来。

5.    建议

?  富集分析做barchart的时候,用p-value比较好,可以在图形中显示over under。不推荐用FDR

?  Blast2go出来的分类饼图是不包括unknown类别的,个人建议用blast2go出来的数据重新画一个分布饼图,将unknown类放进去。

?  blast的时候HSP的长度最好设定一下。
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