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wangyufeng的博客

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Using NCBI get coding sequences for a list of genes  

2011-04-16 11:10:19|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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From the NCBI, you can use ESearch (http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esearch_help.html ) and/or EFetch ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetch_help.html ) to retrieve an XML description of your record (search biostar for some examples).

For example: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=5&retmode=xml

Then, using XSLT/ XPATH, you can extract the CDS (again, search biostar for some examples).

XPATH example:

/GBSet/GBSeq/GBSeq_feature-table/GBFeature/GBFeature_quals/GBQualifier[GBQualifier_name='translation']/GBQualifier_value
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