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常用启动子分析网址  

2011-03-31 16:37:06|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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(From:http://www.helixnet.cn/viewthread.php?tid=5999&pid=57914&page=1&extra=page%3D1#pid57914)

http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/

*************************************************************************

转载

有一天接到遥远老板的来电,急需查出某条基因的启动子序列,说他第二天早上就要,虽然搜到不少讲怎么找启动子的,但总是只言片语,我比较笨搞清别人的含义需要很长时间,于是把我折腾了一个白天,下面就记录下自己查找启动子的整个过程希望对后来的兄弟有点帮助:

   首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子,在pubmed中输入genename+promoter,返回15条记录,大概浏览了下摘要,很失望没有常用启动子分析网址 - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客 ;


   接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的,很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站,如下,http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html

其中给出了查找启动子的一般步骤,并且列出了所要用到的工具,兴奋!

   第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域,其中列出很多网站,不过偶还是习惯genbank,在gene栏中search某个基因,不要搞错基因种 属!进入后即可看到该基因的详细条目,别眼花,就点击右侧link栏的Map viewer链接,进入即可看到该基因在染色体上的形象定位,鼠标悬停在基因的起始位点时,即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位, 比如110997788,结合给出的基因跨度,比如110778899-117708899,即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位,即 110778899-110997788;

   第二步搞清楚基因组状态,我没搞太清楚,不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆(查出克隆号可以购买)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/

该链接中的clonefinder工具可以做到,只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist;

   第三步搜索启动子,其中可以用启动子数据库和启动子预测软件,当然如果启动子数据库中有最好,但很失望给出的数据库均不能查到!只好用启动子预测软件,使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快,推荐http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点,到底哪个是呢?我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近,所以在这个dna序列 中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction,那么怎么定位呢?利用blast2这个利器,只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok,正好在翻译起始位点上游几百bp有个 识别位点,ok!启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了!

当然,查找过程还有很多地方值得探讨,so请大家指正!
本文转自:http://hi.baidu.com/robertoyuan/blog/item/a524ea26dbbdb6128a82a1b1.html
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