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How to draw a Heat map for gene expression data using R?  

2011-12-19 13:34:03|  分类: R、SVG&GNUPlot画 |  标签: |举报 |字号 订阅

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        经常需要把基因表达数据绘制成heatmap,其中R可以轻松实现。在网上找了一个现成的例子,结合前面的几个帖子,希望可以帮助到大家。

## Some dummy data: 100 genes x 10 samples 
> d <- matrix(rnorm(1000),100)
> rownames(d) <- paste("gene",1:100,sep="")
> colnames(d) <- LETTERS[1:10]
> head(d)
               A           B          C           D          E           F
gene1
-1.0362235  0.82685836 -0.3053555 -1.25348438 -1.1167804 -0.21246920
gene2
-1.0280138 -0.10380856 -0.4725301 -0.02306777 -0.6119725  0.10499482
gene3
-1.2072158 -0.09147717  0.2429783  0.18397650 -0.5749762 -0.82854688
gene4  
1.3769346 -0.34478739 -1.6498159 -0.04752349 -0.3759327  0.04173142
gene5
-0.8177475 -0.20440739 -1.4889405  0.50194321  0.9544585  1.23902602
gene6  
0.5511526  0.62477829 -0.2677255 -0.74236524 -0.1572775  0.91825030
               G          H          I           J
gene1
-0.9427938 -1.4545177 -1.0756554 -0.08241979
gene2
-1.7248344 -2.2090110 -1.5504237 -0.19954993
gene3  
0.2018804  1.7318818 -1.8288649  0.58678452
gene4  
0.2948888 -0.2522309 -1.1669122 -0.60243273
gene5  
1.0042703  0.5899186 -0.4196320 -0.66348636
gene6  
2.3309169 -1.0491888  0.3506227 -0.71594841
> heatmap(d)
How to draw a Heat map for gene expression data using R? - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
 EDIT: The dendrograms have been added automatically. In brief, the heatmap represents the values in your data matrix (scaled and centred by default) and the hierarchical clustering is performed along columns and rows using the hclust function (see ?hclust) based on eucledian distance (see ?dist).

To draw then manually

> dd <- matrix(rnorm(100),5,2)
> distMatrix <- dist(dd) ## genes/lines -- use dist(t(dd)) for samples/columns
> distMatrix
         1        2        3        4
2 1.139330                           
3 2.764294 2.995049                  
4 1.654401 2.484039 1.677883         
5 1.254484 1.291086 1.714694 1.483167
> dendro <- hclust(distMatrix)
> plot(dendro)
How to draw a Heat map for gene expression data using R? - 喜欢吃桃子 - wangyufeng的博客
  via:http://biostar.stackexchange.com/questions/8852/how-to-draw-a-heat-map-for-gene-expression-data
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