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wangyufeng的博客

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【引用】Cluster + Treeview 对芯片结果进行聚类和Heatmap可视化  

2011-11-07 22:24:54|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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Cluster和Treeview都是Michael Eisen在Stanford的时候写的程序,用来对基因表达数据的聚类和可视化,二者联合是画基因表达Heatmap的好工具;
下载这两个软件请去Eisen的主页:http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm

cluster所需要的数据格式如图:
Cluster + Treeview 对芯片结果进行聚类和Heatmap可视化 - Andy - Andy的博客

其中左上角的项是必要的,否则数据会出现问题。
一个比较完全的数据格式如下:
 Cluster + Treeview 对芯片结果进行聚类和Heatmap可视化 - Andy - Andy的博客
其中,weight行或列是用来计算聚类距离的,注意在对行聚类时用的是列的weight,列聚类同理。

TreeView
比较简单,载入上步产生的文件即可;
保存图像的两种方法:
Save Zoomed Image (bmp格式)
Save PS Image (ps格式)
色彩模式:
redgreen:red+ green-
yellowblue: yellow+ blue-
对比度:
当数据的+/-对比不太明显时,调低对比度可以使情况得到改观。
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