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如何利用NCBI中的Primer-BLAST设计引物  

2011-11-05 13:12:13|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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Step1: Go to NCBI/ Primer-BLAST web page

 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHomeAd

 

 

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Step 2: Input PCR template

1.     Input your PCR template sequence or input the accession, gi in NCBI .

2.     Specify the position ranges of forward and reverse primers in the sequences which you input. (Optionally)  

Note: if you enter the accession of genomes, you can specify the genome locations here.

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Step 3: Set primer parameters

1.     Enter your pre-designed primers. (Optionally)

2.     Set the range of interested PCR product sizes.

3.     Set primer melting temperatures.

 

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Step 4: Check primer pair specificity

1.     If you want to check the specificity of primer pairs, check this option and the following steps are required.

Otherwise, the following steps can be ignored.

2.     Select organism(s) which you are interested.

 

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3.     Select database(s) which you want.

Note: Generally, the organisms and databases have to be related with your input sequences

4.     Select the mismatched value here.

If the mismatched value is set higher, the PCR product from computed primers is less specific.

5.     The misprimed product size deviation is set here.

6.     Click “Get primers” to compute primers.

 

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7.     Wait the server to compute primers

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Step 5: Get primers

1.     The program generates ten results of computed primer pairs

 

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2.     The detailed information of computed primers shown in the red box.

3.     If you check the option of specificity check, this part will be shown.

      Here, you can see the predicted PCR products of the computed primers using the unintended templates which are set at step 3.2.

 

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 via:http://cbs.ym.edu.tw/services/sbts/20080826-shiau-yi/shiau-yi.htm

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