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在Windows平台实现BLAST-2.2.4+本地化  

2010-12-24 16:01:13|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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引子:在 Windwos 平台实现 BLAST 本地化,已经不是什么新鲜事了,刚好所里同学需要,昨天摸索了半天,发现 BLAST 新版本有些变化,而网上相关的一些教程大同小异,一部分操作已经不适用了,遂整理如下,仅供参考,不当之处,敬请指正。
  
准备工作:
1.BLAST 程序
  ncbi-blast-2.2.24+-win32.exe 适用于 Win 32 位系统,ncbi-blast-2.2.24+-win64.exe 适用 Windows 64 位系统,请注意选择。
  BLAST 程序的最新版,可以通过 FTP 获取(图1):
  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ (推荐使用FlashFXP)
  

2.数据库
  自己创建的数据库(本例以 Laodel 数据库为例)或从 NCBI 下载的数据库。
  获取数据库,也可以通过FTP获取(图2):
  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
  

操作流程:
  1.安装 Blast 程序
  建议安装在非系统盘,将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast(图3),生成 bin、doc 两个子目录,其中 bin 是程序目录,doc 是文档目录(图4)。
  

  

  2.解压缩数据库
  将下载的数据库解压出来,放在一个固定目录,如:E:\blast\db。一般公司给的数据库是格式化好的,如示例 Laodelphax striatellus 中的 Laodel 即格式化好的数据库(图5)。
  

  3.设置用户环境变量
  右键点击“我的电脑”-“属性”,然后选择“高级”标签-“环境变量”(图6),在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值,即“E:\Blast\bin”。
  

  此时点击“新建”-变量名“BLASTDB”,变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径),如图7:
  

  4.查看程序版本信息
  点击 Windows 的“开始”菜单,在“运行”中输入“cmd”(图8)调出 MS-DOS 命令行,转到 Blast 安装目录,输入命令“blastn -version”即可查看版本如图9:
  

  

  5.查看数据库信息
  在 MS-DOS 命令行窗口,输入命令格式为“blastdbcmd -db 数据库名称 -info”,如图10:
  

  6.查询目的序列
   在 MS-DOS 命令行窗口,输入命令行格式为“程序 -query 目的序列文件 -db 数据库名称 -out 输出文件”,示例中的 sample.txt(必须是 FASTA 格式,支持多条序列) 为核酸序列,数据库为 Laodel,假设输出结果文件为“result.txt”,则完整命令为
blastn -query sample.txt -db Laodel -out result.txt”,如图11:
  

  比对完成后,可以打开 Blast 安装目录中的 result.txt 文件查看比对信息,如图12:
  

  

  参考资料:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/pc_setup.html
  附录
  sample.txt 文件内容如下:
引用内容 引用内容
>sample
CAGCGTTTAACGCTTCGGCGAGGGCGATCTGTCGGTGCGCGTGGCCGAGCAGGGCCATGACGAGGTGCAGTTAGTTACTATCTCTTCATTTCGGTAACCACCGTGATGTATTCTTGATTGAGGTTGAAATGTTGGCAACATTTCTTACATTTCTAGCAGTCCTGAATTTTGCTGACTGCGCTTATAATGGGGACGACCAATCATAGCAGTTCTTGCGCAAGAAATCAATTCTACCAACCTAGACAAAACA


  Laodel 文件内容大概如下:
引用内容 引用内容
>Contig1
GCTGGAATGACCTGGTTGTTGAGCCTTACTTAAACTGGGACGCGGCTCAGCTTAGTAGCT
TTATCCGTGCTCGTGGCAAAGACGCAGCTGTAGAGGCGGAAGAGTCCAAGGACACTCTCG
TCTCCCGCGCCAGAGCAAACTGACCTGGATCTTCGACACGTGGACCGACAGCCAACTGAA
GGCTTTTTGCGACAAAAATGGAATA
>Contig2
TCTGAGCGTAGCCACGGCCGGCTTCCTGATGCTGATAATCGCGCTGGCCTTCCTGCGGCT
GGTCGTTTTCTGTCTGCTGTGGATGGCCACCCTGGGCGCCCATCATCTCTGGCTGTTCCC
CAATCTCACCGAAGACGTGGGATTTTTCGCCTCATTCTGGCCACTCTATCAGTACGAATA
CAAGGGTCGAGGAAGTACACAGAAATCG
>Contig3
CTAGTTCTGGTAGTTTTTTTTTCCATTTCAATTGCATATATTTATTATTATAGGTGATAC
CTCTGTAATTTCACATACTAAAGTGCCATTGAAGCTGGTTTTCATACACAACCTTAATGC
AGATCCAGTGAAGGCTATTCTCCAGCATGATTCAAGAGTGCACAGTTTATTAGGCAATTC
CAGAGATACCTGCACCGAGACCTGGATAGGTGGGAAAGCCAACTCCTGAATTGAATCCAT
.........
本文转自:(http:/www.raindy.org)


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