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应用NCBI的UniSTS查找引物序列  

2010-11-09 08:59:02|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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STS,序列标签位点Sequence Tagged Site是一段短的DNA 序列(200-500个碱基对),这种序列在染色体上只出现一次,其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR 反应中可以检测出STS 来,STS 适宜于作为人类基因组的一种地标,据此可以判定DNA 的方向和特定序列的相对位置。

        还是使用人的IL-6 基因为例

1. 打开NCBI 主页,在Search 后面的下拉菜单选择UniSTS,在FOR 后面填写目的基因。操作完毕如图所示:         

       点击GO 以后出现以下页面   

        这时你会发现NCBI 又提供了很多序列,下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
2.根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列(可能不只一个),点击。下面以点击第一个进入的画面为例。      

        你会发现这个页面直接就给出了引物序列,PCR 之后的片段长度也是给了的(247bp)。下面还有很多相关的信息……
3.点击GeneBank Accession 后面的代码,进入下一个页面。

        前后引物都呈现在眼前了,还有反应体系和反应条件!其中Primer A 是前引物序列,Primer B 则是后引物序列,并且给出了他们在DNA 序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下,是可以找到的, 不过要注意,PCR 是双链扩增,在序列中可以直接找到的是Primer A 的原序列和 Primer B 的互补序列。
        在步骤二里面我只点开了一个序列,继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物,不过这要你自己慢慢发掘了。这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道,实用 程度不是很高,但如果这里面恰好有你想P的片段的话,恭喜你,这些引物都是很成熟的引物,可以直接拿过来使用了。如果想寻找引物,大家可以查阅相关论文, 已经报道的引物我们为什么不用呢?!既省时间,可靠性又强。
        如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话,那就自己设计吧,建议使用Primer 5 和Oligo。

转自:http://www.bioask.cn/html/389.html


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