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如何在linux系统运行R  

2010-11-05 12:59:23|  分类: R、SVG&GNUPlot画 |  标签: |举报 |字号 订阅

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R脚本对内存要求太高,只得用了台8G的linuxOS的机子才勉强能运行。

*************************************
实践
*************************************
远程linux:(终端用SecureCRT,传送文件用SSH Secure File Transfer Client
    用ssh软件登陆   IP/用户名/密码

使用SSH Secure File Transfer Client 进行传输文件,很简单
使用SSH Secure Shell Client 远程登录 ==这个会出现中文乱码。改用putty 设置字符集为 UTF-8即可
putty复制粘贴麻烦,改用SecureCRT 5.1 (在会话选项-外观-编码=UTF-8)

安装R软件
cd /home/wxh
tar zxvf R-2.5.1.tar.gz
cd R-2.5.1
./configure
make;make install   要十几分钟(安装一些什么recommand包也不知道是什么)

运行R:
R   注意是大写的,当前随便哪个目录下都行


安装包:
R CMD INSTALL package_name.tgz

将tar.gz包全放到一个目录下。
运行这个命令安装全部包:
R CMD INSTALL Biobase_1.14.1.tar.gz affyio_1.4.1.tar.gz affy_1.14.2.tar.gz annotate_1.14.1.tar.gz
   genefilter_1.14.1.tar.gz RColorBrewer_0.2-3.tar.gz geneplotter_1.14.0.tar.gz limma_2.10.5.tar.gz pixmap_0.4-7.tar.gz
   zoo_1.3-2.tar.gz sandwich_2.0-2.tar.gz strucchange_1.3-2.tar.gz vsn_2.2.0.tar.gz tilingArray_1.14.0.tar.gz
   GO_1.16.0.tar.gz davidTiling_1.2.4.tar.gz
转自:http://hi.baidu.com/xhuister/blog/item/10512fc6f9e791199d163dad.html
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