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RSPerl:在Perl里面调用R(转)  

2010-11-04 16:32:33|  分类: Perl & bioperl |  标签: |举报 |字号 订阅

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R和Perl是我最常用的两个干活工具,Perl用来处理数据,R用来分析数据,配合得很不错。不过最近需要在R里面做简单的K- means聚类分析,然后再根据聚类分析的结果处理一大串文本数据。基本方法当然是先写一个perl脚本处理数据,然后写一个R脚本来作聚类分析,最后写 一个Perl脚本根据聚类分析结果处理文本数据。Perl当然也能作K-means聚类,不过我比较懒,不想自己写;CPAN上那个K-means聚类的 模块折腾了一下,发现远不如R内置的kmeans函数好用。于是将就着这个土鳖方法折腾了两天。今天发现,我还有若干个地方要用到聚类分析,这个土鳖方法 会让我不得不写出一大堆的脚本才能完成工作,而且我还得记住每个脚本的用途,以及运行的顺序,崩溃~~

Google了一下(PS,百度一下能找到COS上的帖子),第一个搜索结果就是http://www.omegahat.org/RSPerl /。一个古老的包,为Perl提供了调用R的接口。

安装RSPerl

我的系统:Ubuntu 9.10,64位。先要安装Perl的开发文件,待会编译RSPerl的时候需要。

sudo apt-get install libperl-dev

然后去http://www.omegahat.org/RSPerl/下载最新的RSPerl,我下载的是 RSPerl_0.92-1.tar.gz。然后在下载目录中运行:

sudo R CMD INSTALL  --configure-args='--with-in-perl' RSPerl

然后解压这个压缩包,切换目录:

cd RSPerl/src/

运行:

perl Makefile.PL
make -f Makefile.perl
sudo make -f Makefile.perl install

搞定!这是我的安装方法,跟官方网页上介绍的不一样。我根据官方网页上的方法装不上去,奇怪~~最近RP有问题。好了,RSPerl就算是安装好 了。

K-means聚类分析

先看代码:

use R;
use RReferences;
use warnings;
use strict;

&R::initR("--silent");

my @x = &R::eval('kmeans(c(2,23,23,12,123),2)$cluster');
print join("\n",@x);

运行结果:

1
1
1
1
2

收工,回家睡觉!

本文转载自:http://gossipcoder.com/?p=53

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