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Artemis: DNA Sequence Viewer and Annotation Tool  

2010-11-13 15:58:46|  分类: 学术之家 |  标签: |举报 |字号 订阅

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             Artemis是一个免费的DNA序列浏览器和预测工作,它能可视化的显示序列特征和对基因组上 下文的分析结果以及对六个阅读框架的分析结果。Artemis由Sanger中心采用Java语言开发,可运行于 UNIX,GNU/Linux,Macintosh or MS Windows等平台上,可接受多种输入格式。值得一提的是你可以将为Atremis外接各种Script,以添加自己想要的分析功能。该软件的源码可由 Sanger中心下载得到。
         Artemis is a free genome viewer and annotation tool that allows visualisation of sequence features and the results of analyses within the context of the sequence, and also its six-frame translation.

        Artemis is written in Java, and is available for UNIX, Macintosh and Windows systems. It can read EMBL and GENBANK database entries or sequence in FASTA or raw format. Other sequence features can be in EMBL, GENBANK or GFF format.

Citations

The development of Artemis is funded by the Wellcome Trust. If you wish to acknowledge the use of Artemis in a publication, you should cite:

  • Artemis: sequence visualization and annotation.

    Rutherford K, Parkhill J, Crook J, Horsnell T, Rice P, Rajandream MA and Barrell B

    Bioinformatics (Oxford, England) 2000;16;10;944-5

    PUBMED: 11120685

For Artemis and ACT in database mode:

  • Artemis and ACT: viewing, annotating and comparing sequences stored in a relational database.

    Carver T, Berriman M, Tivey A, Patel C, B?hme U, Barrell BG, Parkhill J and Rajandream MA

    Bioinformatics (Oxford, England) 2008;24;23;2672-6

    PUBMED: 18845581; DOI: 10.1093/bioinformatics/btn529; PMC: 2606163

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