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本地Blast常见错误及其处理(转)  

2010-11-13 10:35:24|  分类: 生物信息分析 |  标签: |举报 |字号 订阅

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      执行本地BLAST时,常会遇到一些错误,而这些错误有时候往往是大意将参数输入错误,或者是输入文件发生了错误,许多时候往往是花了半天功夫,最 后发现时将t写成了f,为了便于调试,这里旨在收集和整理了本地Blast程序报告的错误,及其产生的原因。

不同版本的blast程序报告错误也不一样,比如早点的版本进行formatdb时,如果输入的fasta文件中的序列有重复的名称,就会报错,而 最新版本的(2.2.21)就不把此当做错误,对于重复的编号,会使用”n_文件名”的编号规则进行替换。

以下是对最新的版本做测试时,得到的一些错误,目前是有限的,以后会不断的添加。

测试的版本为2.2.21,系统为windows xp

执行formatdb命令

formatdb -p f -i xx.fa -o t

[NULL_Caption] ERROR: Could not open xx.fa

输入文件不存在,-i 传入的文件不存在

[NULL_Caption] WARNING: Sequence number 588 (xx.fa), 191 il
legal characters were removed:
23 Es, 28 Fs, 55 Is, 57 Ls, 8 Ps, 20 Qs

-i是蛋白质文件,-p设置为了F

[NULL_Caption] WARNING: Cannot add sequence number 5 (lcl|C108_25A24) because it has zero-length.

[NULL_Caption] FATAL ERROR: Fatal error when adding sequence to BLAST database.

xx.fa(-i 后的输入文件) 文件中有无效的序列,比如仅有>xxxx 换行后没有有效的序列,会告诉你是第几条序列发生了错误。

[NULL_Caption] ERROR: No database name was specified
不输入任何参数时,报告的错误。
[NULL_Caption] ERROR: Invalid argument: -h

参数错误,查看帮助应该是–help

本文转自:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1600

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