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使用bioperl注释基因组序列时发现的问题及解决方法  

2010-11-13 10:32:10|  分类: Perl & bioperl |  标签: |举报 |字号 订阅

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       错误1:在对scaffold注释的时候,发现一个bug,当使用
 #use Bio::Annotation::Comment;
    模块的时候,注释的结果不显示contig字段,还是安装原来普通的genbank的格式显示,又让我郁闷了好长时间
    需要读文档,看看comment对象于contig对象之间的关系。
      尝试使用#use Bio::Annotation::Collection;对象时,会是什么样子呢?《发现了差异》
      建立对象的两种方法:
      my $coll = $seq_obj->annotation();
                     用这种方法建立对象是,不能用Comment对象,否则就会将contig抹掉
       comment对象不能用, 物种显示也有问题
      my $coll = Bio::Annotation::Collection->new();
                    正确的方法应该用这样的方法建立对象
                    使用这种方法建立新对象的时候,不能用
        $seq_obj->add_date(’22-JUN-2007′);
       #add_keyword
        $seq_obj->add_keyword(’WGS’);等方法
        species最后的物种名称为属名与种名
    《已经解决》15时52分23秒
       
错误2:添加feature时候,主键为gap,结果报错,add_feature方法失败:
“Can’t call method “add_SeqFeature” on an undefined value at scanffold-genbank.pl line 71
seq_object 对象建立问题,文件循环以及对象设置问题,造成对象建立失败,所以建立在起上的方法都会报错
,当尝试循环中无法解决后,我开始用另一种方法解决这个问题,将gap注释对象存储在一个数组中,都最后再
统一将其写进序列对象。
      《已经解决》19时20分13秒
 
错误3:前些天还可一运行的程序,今天反馈的结果为0,让我烦恼不已,甚至是恼怒,为什么?我运行,再运行,
但是结果都是一样,于是我证明了一个真理,重复同样的错误,只会得到同样的结果,即便是重新启动,即便是
更新软件,但是结果都是一样的,因为错误肯定不再程序本身! 哪里错了,呜呼哀哉!果然不出我的所料,是输入
文件错误,昨天我真是头驴,怎么不去看看那个输入文件呢?使我那天运行程序的时候不小心把输入当输出了,
结果文件清空了,所以我运行的结果就是0,所以不要被自己的过去将自己迷失,遇到问题,不要去情绪化,而是
实事求是的针对出现的问题去分析问题的原因。《已经解决》
 
2007年11月05日 星期一 21时33分28秒
得到scaffold注释序列中contig字段中的值,起方法为
        1)通过序列对象的$seq_obj->annotation();方法得到序列所有的annotation对象的集 合,key包括
                    keyword
                    CONTIG
                    comment
                    reference
                    data_changed
       2)  通过@values=$ann_object->get_Annotations(’$key’);得到某key值对象的数组
       3)foreach $value ( @values ) { },得到具体的对象,然后更加对象的类型,读出对象的值
       4)对于Bio::Annotation::SimpleValue object对象,方法有:
            as_text   return the string “Value: $v” where $v is the value      
            tagname   Get/set the tagname for this annotation value.
            value     Get/Set the value for simplevalue
            tag_term    ontology term
            hash_tree hashrf
转自:http://boyun.sh.cn/bio/?p=261
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